Franciszkanie (dawniej bernardyni) we Wschowie obecni są od 1456 roku. Ich pierwszy kościół pw. św. Franciszka i św. Bernardyna oraz klasztor z drewna i muru pruskiego z 1462 roku otaczało podwórze, ogród i cmentarz, na którym wybudowano kaplicę pw. św. Anny. 

W grudniu 1558 roku spalone w poprzednich miesiącach zabudowania zostały opuszczone . Franciszkanie udali się do Kościana lub Głogowa. W 1564 roku grunty klasztorne zostały sprzedane dwom szlachetnie urodzonym urzędnikom wielkopolskim. Grunty jednak traktowano jako kościelne i pozostały wolne od zabudowy. 

Franciszkanie odzyskanie swojej dawnej placówki uważali za punkt honoru. Klasztor wschowski był bowiem jedynym klasztorem utraconym w zawierusze reformacji przez polską prowincję. Sprawa nie była łatwa wobec faktu, że tereny klasztorne podzielone na działki otrzymały nowych właścicieli i wobec wrogiego nastawienia do zakonników większości wyznających protestantyzm mieszkańców miasta. Miasto stanowiło jednak własność królewską i ostatnie słowo należało do króla. Starania starosty wschowskiego, Hieronima Radomickiego, oraz poparcie nuncjusza Antoniego Santacrocego spowodowały, że Zygmunt III Waza uznał prawo zakonników do dawnej swojej posiadłości. Ostatecznie dzięki wysiłkom biskupa poznańskiego (Wschowa należała do diecezji poznańskiej) i Hieronima Radomickiego doszło 25 maja 1629 r. do podpisania ugody z magistratem, a w miesiąc później – 25 czerwca 1629 r. delegaci prowincjała objęli dawną placówkę. 

Ponowne objęcie placówki nie oznaczało natychmiastowego przystąpienia do budowy kościoła i klasztoru. Tymczasowo zakonnicy zamieszkali w znajdujących się na zwróconej posesji domach, a służbę Bożą sprawowali w przywróconej do kultu katolickiego – pamiętającej jeszcze pierwszy pobyt zakonników – znajdującej się na cmentarzu kapliczce św. Anny. Podjęto powolne, trwające prawie 9 lat przygotowania do budowy. Do sprawy udało się pozyskać hojnego dobrodzieja, dworzanina Opalińskich – Mikołaja Tarnowieckiego, który stał się głównym fundatorem kościoła. Umierając w 1640 r., w testamencie zapisał cały swój majątek na kontynuowanie budowy. Zapewnione fundusze oraz zgromadzony materiał umożliwiły rozpoczęcie w 1638 r. budowy kościoła. Tempo prac musiało być szybkie. Już następnego roku było można w prezbiterium odprawić Mszę św. i sprawować służbę Bożą. Około 1644 r. ukończono budowę kościoła, który zamierzano pierwotnie poświęcić św. Annie, ostatecznie jednak nadano mu wezwanie św. Józefa. Wybudowany obiekt nosił cechy stylu późnorenesansowego z elementami wczesnego baroku, nawiązywał poprzez ceglaną elewację, zewnętrzne przypory i laskowanie okien do tradycji gotyckich. Choć kronika klasztorna nie przekazała nam nazwiska architekta, jednak cechy architektoniczne wskazują na Krzysztofa Bonadurę Starszego (ok. 1582-1670). Konsekracji nowej świątyni pod wezwaniem św. Józefa dokonał 25 kwietnia 1652 r. biskup sufragan poznański Marian Maciej Kurski (1600-1681). 

Wieża dobudowana została według projektu rydzyńskiego architekta Józefa Sztyera w 1742 r. Była ona wyższa od obecnej o jedną kondygnację i posiadała umieszczony w 1785 r. zegar. Dwa lata później w 1787 roku zawieszono nowe dzwony. W takim to kształcie wieża dotrwała do 5 września 1821 r., kiedy od uderzenia pioruna wypaliła się i uległa zniszczeniu. Odbudowano ją w skromniejszych wymiarach w 1826 r. 

Późniejszym obiektem jest również przylegająca od północy do kościoła kaplica Krzyża św., w której umieszczony jest łaskami słynąca stara, dębowa gotycka Figura Chrystusa ukrzyżowanego. Jak w 1724 r. informuje kronika, pochodziła ona z dawnego spalonego przez luteran w 1558 r. kościoła. Wrzucona do dołu, przywalona gruzem cudownie ocalała i doczekała się powrotu zakonników, którzy odnaleźli ją w 1638 r. podczas kopania fundamentów pod nowy kościół. Zapewne wzrost kultu był przyczyną wybudowania w 1731 r. przy głównym wejściu kościoła osobnej kaplicy, w której umieszczono cudowny krucyfiks. Kaplica posiadała kryptę grzebalną. Wzrastający kult i skromność ówczesnej kaplicy były przyczyną, że dokonano w 1776 r. jej gruntownej przebudowy. 

Dopełnieniem całości było otoczenie całego dziedzińca kościelnego i znajdującego się na nim od 1742 r. kamiennej figury św. Józefa wybudowanymi w latach 1745-1746 krużgankami, w które wkomponowano dwie narożne kaplice: od północnego wschodu poświęconą św. Feliksowi, a od południowego wschodu Matki Bożej Pocieszenia. 

Od zewnątrz na dziedziniec prowadzi barokowa brama, zwieńczona wykonaną w piaskowcu, figurką Niepokalanej. Część zachodnia krużganków, przylegająca do kaplicy Krzyża św., ozdobiona pięcioma kamiennymi figurami, stanowi jednocześnie wejście do kościoła. 

Równolegle z budową kościoła wzniesiono nowy, murowany, przylegający do niego od południa klasztor, będący budowlą zgrupowaną wokół czworobocznego dziedzińca, zwanego wirydarzem. Klasztor przewidziany był dla 20 zakonników. We wschodnim skrzydle została umieszczona zakrystia. W 1727 r. dolne krużganki klasztoru zostały pokryte freskami przedstawiającymi cuda św. Antoniego. Zamalowano je w 1766 r.W skład zabudowań klasztornych wchodziły także browar, dom rekolekcyjny, piekarnia oraz zabudowania gospodarcze: obora, chlewy, spichlerz i stodoły. Gospodarstwo, do którego prowadziła od północy wybudowana w 1721 r. charakterystyczna brama wraz z ogrodami, było otoczone murem.

Piękna polichromia kościoła została ukończona w 1746 r. Polichromię w prezbiterium, przedstawiającą gloryfikację Trójcy Przenajświętszej wykonali bracia zakonni Walenty Żebrowski i Liboriusz Staniszewski. Ich dziełem jest także ozdoba ściany zachodniej za organami oraz dekoracja ścian bocznych. Polichromię nawy głównej, przedstawiającą zaślubiny św. Józefa z Maryją w otoczeniu grup świętych, wykonał malarz głogowski Joachim (Johann) Ernest Engelfeldner (Eggenfeldner).

W kościele klasztornym znajdował się łaskami słynący obraz Matki Bożej. O czym pisze kronikarz zakonny o. Augustyn Ciepliński: „w kościele znajduje się obraz Bożej Rodzicielki Dziewicy przebogaty cudami i słynny również pozostawionymi, ofiarowanymi przez wiernych jako wota [za wysłuchane prośby] licznymi srebrnymi blaszkami (płytkami), naszyjnikami ze złota, pereł i ze szlachetnych kamieni”. W wybudowanych w latach 1745-1746 krużgankach południową kaplicę poświęcono Matce Bożej Pocieszenia, umieszczając w niej kopie obrazu Matki Bożej Passawskiej, czczonej jako Wspomożycielka Wiernych.

Po drugim rozbiorze Polski Wschowa przypadła protestanckim Prusom. Polityka państwa zmierzała do całkowitego zniesienia wszystkich klasztorów. Pierwszym takim posunięciem było wydane w 1794 r. urzędowe rozporządzenie, ograniczające przyjmowanie nowicjuszy przed 25 rokiem życia. W 1798 r. w ogóle zabroniono ich przyjmować. Dzięki okresom złagodzeń rozporządzenia do klasztoru wstępowali nowicjusze aż do roku 1816, w którym edyktem zakazano przyjmowania nowych kandydatów, skazując klasztory na powolne wymieranie. Powoli klasztory wielkopolskiej prowincji bernardynów pustoszały, a kiedy umierał ostatni ksiądz, klasztor kasowano. Taki tragiczny los dotknął również Wschowę. Ostatnim kapłanem, a zarazem przełożonym, był o. Cherubin Maciejowski, który zmarł 17 grudnia 1827 r. Po jego śmierci pozostał w klasztorze ostatni zakonnik br. Maciej Cieszyński. Zarządzający prowincją komisarz, o. Julian Fujarski, za wszelką cenę starał się utrzymać klasztor. Nie udało mu się to z powodu braku kapłanów. Bolesną decyzję zamknięcia klasztoru podjęto 6 stycznia 1828 r., kiedy to o. J. Fujarski przekazał zarząd nad klasztorem dziekanowi wschowskiemu, ks. Konstantemu Lesińskiemu z Włoszakowic. Ten zabezpieczył klasztorne srebra w kościele parafialnym. Kościół i klasztor zostały zapieczętowane i oddane pod opiekę magistratowi wschowskiemu. 

Dnia 23 czerwca 1828 r. sprzedano na publicznej licytacji wyposażenie klasztoru, a uzyskaną sumą pieniędzy wynagrodzono służbę klasztorną. Obiekty miały być przekazane ewangelickiej gminie Nowego Miasta w zamian za jej spalony kościół. W 1832 r. starania o przejęcie przez gminę katolicką niszczejących obiektów poklasztornych podjął nowy proboszcz wschowski ks. R. P. Berger. Sprawę i plany ich wykorzystania przedstawił arcybiskupowi Marcinowi Duninowi. W klasztorze planował umieścić szkołę katolicką i urządzić mieszkania dla trzech nauczycieli. Miał tam też mieszkać wikary parafialny, który byłby jednocześnie rektorem kościoła poklasztornego, uczyć religii i nadzorować nauczycieli. Grunty klasztorne oraz zabudowania gospodarcze miały być wydzierżawione a z uzyskanych dochodów opłaceni nauczyciele. Parafia miała też przejąć dochody płynące z uposażenia klasztoru. Plany te ziściły się w roku 1835, kiedy to dekretem królewskim, wobec braku zainteresowania za strony gminy protestanckiej, cały obiekt przekazano parafii katolickiej. W kościele zaczęto odprawiać nabożeństwa katolickie a w klasztorze w 1838 r. umieszczono podstawową szkołę katolicką, która działała do końca lat 20. XX wieku oraz urządzono mieszkania dla nauczycieli i wikarego parafii. W XIX wieku dobudowano do klasztoru nowe skrzydło, służące jako szkoła katolicka. Wybudowano więc obiekt dwukondygnacyjny z poddaszem użytkowym, który jest właśnie budynkiem głównym Ośrodka. Budynek ustawiony jest szczytowo i przylega północno-zachodnim narożnikiem do zabytkowego kompleksu klasztornego.

W związku z likwidacją szkół wyznaniowych w III Rzeszy w części budynku klasztornego umieszczono przedszkole a w części urządzono mieszkania. 

Stanisław Helsztyński przebywający we Wschowie od jesieni 1905 r. do Wielkanocy następnego tak wspomina wschowski klasztor: „Szkoła mieściła się w ponurym gmachu poklasztornym, do którego jednak przywiązałem się szybko, jako do czegoś bardzo bliskiego. Mianowicie poszedłszy w niedzielę do tego pobernardyńskiego klasztoru, a raczej do kościoła, zauważyłem z nieopisanym zdumieniem i radością, że pełen jest pomników, nagrobków i tablic zapisanych w języku polskim. Polskie nazwiska, herby, polska mowa tak mnie ośmieliły, że patrzyłem jakoś raźniej na świat. Nigdzie się tak dobrze nie czułem jak na tym dziedzińcu z figurą św. Józefa, Chrystusem Ukrzyżowanym w zewnętrznej absydzie, pośród wirydarza okolonego stacjami Męki Pańskiej i innymi pomnikami, pamiętającymi okres wolnej Rzeczypospolitej. Chciałbym jeszcze kiedyś znaleźć się na tym odgrodzonym placyku przed kościołem. Czułem się tam jak we wsi rodzonej. Może przemawiały do mnie tak silnie barokowe gesty figur kościoła, może ich liczba i bogactwo. Animuszu dodawali mi marsowi kasztelanowie, sportretowani na blachach trumiennych. Odzyskiwałem wśród nich znów swobodę ducha, wyniesiona z Kosowa, z jego łąk, pól i lasów i ludzi, pośród których nie było ani jednego Niemca”.

Oprócz księży budynek klasztoru zajmowali różni lokatorzy. W latach 1868-1879 w klasztorze mieszkały przybyłe do Wschowy Siostry Elżbietanki. Pod koniec wojny, na początku stycznia 1945 r. umieszczono w klasztorze ewakuowany z bombardowanego Wrocławia dom starców, prowadzony przez Siostry Maryi Niepokalanej. Po zakończeniu działań wojennych było 45 podopiecznych, z których do końca 1945 r. 20 zmarło. Pochowano ich na cmentarzu przy kościele pomiędzy krużgankami. Ponieważ siostry nie otrzymywały do września 1945 r. żadnej pomocy ze strony państwa, ciężar utrzymania spadł na przybyłych już wówczas pierwszych zakonników. Ostatecznie siostry opuściły klasztor w 1948 r., przenosząc się do Klenicy. Kościół, według relacji świadków, służył jako kościół szkolny, odprawiano w nim jedną Mszę św. w niedzielę oraz odpust św. Józefa. Od lat dwudziestych był nieczynny. Niemcy w czasie wojny przechowywali w nim złom.

Po II wojnie światowej budynki klasztorne i kościelne zwrócono franciszkanom, a poszkolny budynek z XIX wieku znacjonalizowano. Od lat 50′ do lat 90′ XX wieku obiekt służył jako Państwowe Przedszkole nr 2. W tym czasie (pewnie w latach 60′-70′) do budynku od strony wschodniej dobudowano współczesny parterowy obiekt z płaskim dachem, a od strony zachodniej – dwukondygnacyjny, również z płaskim dachem. W 1995 roku Komisja Majątkowa zwróciła obiekt ostatniemu właścicielowi (administratorowi oraz inwestorowi budowy szkoły klasztornej), tj. parafii pw. św. Stanisława Bpa i Męczennika we Wschowie. W 2017 roku działka wraz z obiektem została zwrócona notarialnie pierwotnym właścicielom terenu – franciszkanom Prowincji św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych – Franciszkanów w Polsce, z siedzibą w Poznaniu. Obiekt jest użyczony Fundacji FOR – OIKOS.