Die Franziskaner (früher Bernhardiner) sind seit 1456 in Wschowa ansässig. Ihre erste Kirche des heiligen Franziskus und des heiligen Bernhardiners und ihr Fachwerkkloster aus dem Jahr 1462 waren von einem Hof, einem Garten und einem Friedhof umgeben, in dem die Kapelle der heiligen Anna errichtet wurde. 

Im Dezember 1558 wurden die Gebäude, die in den Monaten zuvor abgebrannt waren, aufgegeben. Die Franziskaner gingen nach Kościan oder Głogów. Im Jahr 1564 wurde das Klosterland an zwei adlige Beamte aus Großpolen verkauft. Das Land wurde jedoch als Kirchenland behandelt und blieb frei von Gebäuden. 

Die Franziskaner betrachteten es als eine Ehrensache, ihren früheren Posten wiederzuerlangen. Denn das Kloster Wschowa war das einzige Kloster, das die polnische Provinz in den Wirren der Reformation verloren hatte. Angesichts der Tatsache, dass das Klostergelände in Grundstücke aufgeteilt worden war, und angesichts der feindseligen Haltung der mehrheitlich protestantischen Einwohner der Stadt gegenüber den Mönchen war die Sache nicht einfach. Die Stadt war jedoch königlicher Besitz und das letzte Wort hatte der König. Die Bemühungen des Starosts von Wschowa, Hieronim Radomicki, und die Unterstützung des Nuntius Antoni Santacrocki führten dazu, dass Sigismund III Wasa das Recht der Mönche auf ihren früheren Besitz anerkannte. Dank der Bemühungen des Bischofs von Posen (Wschowa gehörte zur Diözese Posen) und Hieronim Radomicki wurde schließlich am 25. Mai 1629 ein Vergleich mit dem Magistrat unterzeichnet, und einen Monat später, am 25. Juni 1629, nahmen die Abgesandten des Provinzials das ehemalige Amt in Besitz. 

Die Wiederbesetzung bedeutete nicht, dass sofort mit dem Bau einer Kirche und eines Klosters begonnen wurde. Vorerst wohnten die Mönche in den Häusern auf dem zurückgegebenen Grundstück und hielten ihre Gottesdienste in der St.-Annen-Kapelle auf dem Friedhof ab, die für die katholische Verehrung restauriert worden war, obwohl sie noch an den ersten Aufenthalt der Mönche dort erinnerte. Die langsamen Vorbereitungen für den Bau, die fast neun Jahre dauerten, wurden in Angriff genommen. Ein großzügiger Wohltäter, der Opaliński-Hofmeister Mikołaj Tarnowiecki, der der Hauptstifter der Kirche wurde, konnte für die Sache gewonnen werden. Als er 1640 starb, vermachte er sein gesamtes Vermögen für den Weiterbau. Mit den bereitgestellten Mitteln und dem gesammelten Material konnte der Bau der Kirche 1638 beginnen. Die Arbeiten mussten zügig vorangetrieben werden. Bereits im folgenden Jahr konnten im Altarraum Messen und Gottesdienste abgehalten werden. Um 1644 wurde die Kirche fertiggestellt, die ursprünglich der Heiligen Anna geweiht werden sollte, aber schließlich den Namen St. Joseph erhielt. Das Gebäude wies Merkmale der Spätrenaissance mit Elementen des Frühbarocks auf und bezog sich mit seiner Backsteinfassade, den äußeren Strebepfeilern und den Flügelfenstern auf gotische Traditionen. Obwohl die Klosterchronik den Namen des Architekten nicht nennt, deuten die architektonischen Merkmale auf Christoph Bonadura den Älteren (ca. 1582-1670) hin. Die neue, dem heiligen Josef geweihte Kirche wurde am 25. April 1652 von Marian Maciej Kurski, dem Weihbischof von Poznań (1600-1681), eingeweiht. 

Der Turm wurde 1742 nach einem Entwurf des Rustiner Architekten Jozef Sztyer um ein Stockwerk erhöht und 1785 mit einer Uhr versehen. Zwei Jahre später, im Jahr 1787, wurden neue Glocken aufgehängt. In dieser Form blieb der Turm bis zum 5. September 1821 erhalten, als er durch einen Blitzschlag ausbrannte und zerstört wurde. Er wurde 1826 in bescheideneren Dimensionen wiederaufgebaut. 

Ein weiteres späteres Gebäude ist die Kapelle des Heiligen Kreuzes, die sich nördlich an die Kirche anschließt und in der sich die alte gotische Eichenfigur des gekreuzigten Christus befindet, die für ihre Gnadenbilder berühmt ist. Wie die Chronik von 1724 berichtet, stammt sie aus der ehemaligen Kirche, die 1558 von den Lutheranern niedergebrannt wurde. In eine Grube geworfen und mit Schutt bedeckt, überlebte sie auf wundersame Weise und erlebte die Rückkehr der Mönche, die sie 1638 beim Ausheben der Fundamente für eine neue Kirche fanden. Wahrscheinlich war die zunehmende Verehrung der Grund für den Bau einer separaten Kapelle am Haupteingang der Kirche im Jahr 1731, in der das wundertätige Kruzifix aufgestellt wurde. Die Kapelle verfügte über eine Grabkrypta. Die zunehmende Verehrung und die Bescheidenheit der Kapelle zu dieser Zeit waren der Grund für ihren umfassenden Umbau im Jahr 1776. 

Der gesamte Kirchhof und die steinerne Statue des heiligen Joseph, die sich seit 1742 dort befand, waren von einem Kreuzgang umgeben, der zwischen 1745 und 1746 erbaut wurde und in den zwei Eckkapellen eingebaut wurden: eine im Nordosten, die dem heiligen Felix gewidmet war, und die andere im Südosten, die der Muttergottes des Trostes. 

Ein barockes Tor, das von einer Sandsteinstatue der Unbefleckten überragt wird, führt von außen in den Innenhof. Der westliche Teil des Kreuzgangs, der an die mit fünf Steinfiguren geschmückte Kapelle des Heiligen Kreuzes angrenzt, ist auch der Eingang zur Kirche. 

Gleichzeitig mit dem Bau der Kirche wurde im Süden ein neues, gemauertes Kloster errichtet, das sich um einen viereckigen Hof gruppiert, der als Kreuzgang bezeichnet wird. Das Kloster war für 20 Mönche bestimmt. Im Ostflügel wurde eine Sakristei untergebracht. Im Jahr 1727 wurden die unteren Kreuzgänge des Klosters mit Fresken bedeckt, die die Wunder des Heiligen Antonius darstellten. Zu den Klostergebäuden gehörten auch eine Brauerei, ein Exerzitienhaus, eine Bäckerei und Nebengebäude: ein Kuhstall, Schweineställe, ein Getreidespeicher und Scheunen. Das Bauernhaus, zu dem man von Norden durch ein markantes Tor aus dem Jahr 1721 mit Gärten gelangte, war von einer Mauer umgeben.

Die wunderschöne polychrome Dekoration der Kirche wurde 1746 fertiggestellt. Die Polychromie im Presbyterium, die die Verherrlichung der Heiligen Dreifaltigkeit darstellt, wurde von den Mönchen Walenty Żebrowski und Liboriusz Staniszewski geschaffen. Ihr Werk umfasst auch die Verzierung der Westwand hinter der Orgel und die Verzierung der Seitenwände. Die polychrome Ausschmückung des Kirchenschiffs, die die Vermählung des heiligen Josef mit Maria, umgeben von Heiligengruppen, darstellt, stammt von dem Głogówer Maler Joachim (Johann) Ernest Engelfeldner (Eggenfeldner).

In der Klosterkirche befand sich ein wundertätiges Bildnis der Jungfrau Maria. Der Chronist des Klosters, Pater Augustyn Ciepliński, schrieb: „In der Kirche befindet sich ein Bildnis der Mutter Gottes, das vor Wundern überquillt und auch für die zahlreichen Silberplatten, Gold-, Perlen- und Edelsteinketten berühmt ist, die von den Gläubigen als Votivgaben [für erhörte Bitten] hinterlassen werden”. Im Kreuzgang, der zwischen 1745 und 1746 erbaut wurde, war die südliche Kapelle der Muttergottes des Trostes gewidmet, mit Kopien des Bildes der Muttergottes von Passau, die als Helferin der Gläubigen verehrt wird.

Nach der zweiten Teilung Polens fiel Wschowa an das protestantische Preußen. Die Politik des Staates bestand darin, alle Klöster vollständig aufzulösen. Der erste Schritt in diese Richtung war ein offizieller Erlass aus dem Jahr 1794, der die Aufnahme von Novizen vor dem 25. Im Jahr 1798 wurde ihnen die Aufnahme gänzlich untersagt. Dank der zeitweiligen Lockerung der Verordnung konnten weiterhin Novizen in das Kloster eintreten, bis 1816 ein Edikt die Aufnahme neuer Kandidaten verbot und die Klöster zu einem langsamen Aussterben verurteilte. Nach und nach leerten sich die Klöster der Großpolnischen Provinz der Bernhardiner, und als der letzte Priester starb, wurde das Kloster geschlossen. Ein solch tragisches Schicksal ereilte auch Wschowa. Der letzte Priester und zugleich Obere war Pater Cherubin Maciejowski, der am 17. Dezember 1827 starb. Maciej Cieszyński blieb auch nach seinem Tod im Kloster. Der für die Provinz zuständige Kommissar, Pater Julian Fujarski, versuchte mit allen Mitteln, das Kloster zu erhalten. Es gelang ihm nicht, weil es an Priestern mangelte. Die schmerzliche Entscheidung, das Kloster zu schließen, wurde am 6. Januar 1828 getroffen, als Pater J. Fujarski die Verwaltung des Klosters an den Dekan von Wschowa, Pater Konstanty Lesinski aus Wloszakowice, übergab. Letzterer sicherte das Tafelsilber des Klosters in der Pfarrkirche. Die Kirche und das Kloster wurden versiegelt und unter die Obhut des Magistrats von Wschowa gestellt. 

Am 23. Juni 1828 wurden die Einrichtungsgegenstände des Klosters öffentlich versteigert und die Klosterknechte mit dem Erlös belohnt. Die Einrichtungen sollten der evangelischen Gemeinde von Neustadt im Austausch für ihre abgebrannte Kirche übergeben werden. 1832 bemühte sich der neue Pfarrer von Wschowa, Pfarrer R. P. Berger, darum, dass die katholische Gemeinde die baufälligen Klosteranlagen übernahm. Er legte Erzbischof Martin Dunin die Angelegenheit und die Pläne für ihre Nutzung vor. Er plante, im Kloster eine katholische Schule einzurichten und drei Lehrern Unterkunft zu geben. Der Pfarrvikar, der auch Rektor der Klosterkirche sein, Religion unterrichten und die Lehrer beaufsichtigen sollte, sollte ebenfalls dort wohnen. Die Grundstücke und Nebengebäude des Klosters sollten verpachtet werden, und die Einkünfte sollten zur Bezahlung der Lehrer dienen. Die Pfarrei sollte auch die Einkünfte aus dem Stiftungsfonds des Klosters übernehmen. Diese Pläne wurden 1835 verwirklicht, als das gesamte Gebäude mangels Interesse der protestantischen Gemeinde per königlichem Erlass an die katholische Gemeinde übergeben wurde. In der Kirche wurden katholische Gottesdienste abgehalten, und im Kloster wurde 1838 eine katholische Grundschule eingerichtet, die bis Ende der 1920er Jahre in Betrieb war, sowie eine Unterkunft für Lehrer und den Pfarrvikar. Im 19. Jahrhundert wurde dem Kloster ein neuer Flügel hinzugefügt, der als katholische Schule diente. Zu diesem Zweck wurde ein zweistöckiges Gebäude mit einem nutzbaren Dachgeschoss errichtet, das heute das Hauptgebäude des Zentrums ist. Das Gebäude ist giebelständig und grenzt an die Nordwestecke des historischen Klosterkomplexes.

Aufgrund der Abschaffung der kirchlichen Schulen im Dritten Reich wurde in einem Teil des Klostergebäudes ein Kindergarten untergebracht und in einem anderen Teil wurden Wohnungen eingerichtet. 

Stanisław Helsztyński, der sich vom Herbst 1905 bis Ostern des folgenden Jahres in Wschowa aufhielt, erinnert sich folgendermaßen an das Kloster Wschowa: „Die Schule war in einem düsteren Nachklostergebäude untergebracht, das mir jedoch bald sehr ans Herz gewachsen ist. Als ich nämlich an einem Sonntag in dieses Nach-Bernardiner-Kloster oder vielmehr in die Kirche ging, stellte ich mit unbeschreiblichem Erstaunen und Freude fest, dass sie voller Denkmäler, Grabsteine und Tafeln in polnischer Sprache war. Die polnischen Namen, Wappen und die polnische Sprache ermutigten mich so sehr, dass ich die Welt irgendwie mit einem glücklicheren Gesicht betrachtete. Nirgendwo fühlte ich mich wohler als in diesem Innenhof mit der Statue des heiligen Josef, dem gekreuzigten Christus in der äußeren Apsis, inmitten eines Ganges, der von Kreuzwegstationen und anderen Denkmälern umgeben ist, die an die Zeit der freien Republik Polen erinnern. Ich würde immer noch gerne eines Tages auf diesem umzäunten Platz vor der Kirche stehen. Ich fühlte mich dort wie in einem Heimatdorf. Vielleicht waren es die barocken Gesten der Kirchenfiguren, die mich so stark ansprachen, vielleicht ihre Zahl und ihr Reichtum. Die auf Sargtafeln dargestellten Kastellane des Mars belebten mich. Unter ihnen fand ich die Freiheit des Geistes wieder, die mich aus dem Kosovo, seinen Wiesen, Feldern und Wäldern und seinen Menschen, unter denen es keinen einzigen Deutschen gab, herausgehoben hatte”.

Neben den Priestern wurde das Klostergebäude von verschiedenen Mietern bewohnt. Zwischen 1868 und 1879 wohnten die Schwestern der Heiligen Elisabeth, die nach Wschowa gekommen waren, im Kloster. Gegen Ende des Krieges, Anfang Januar 1945, wurde im Kloster ein aus dem bombardierten Wrocław evakuiertes Altenheim untergebracht, das von den Schwestern der Unbefleckten Jungfrau Maria geleitet wurde. Nach dem Ende der Feindseligkeiten gab es 45 Pfleglinge, von denen bis Ende 1945 20 gestorben waren. Sie wurden auf dem Friedhof neben der Kirche zwischen den Klöstern begraben. Da die Schwestern bis September 1945 keine Hilfe vom Staat erhielten, fiel die Last des Unterhalts auf die ersten Mönche, die zu diesem Zeitpunkt bereits eingetroffen waren. Die Schwestern verließen schließlich 1948 das Kloster und zogen nach Klenica. Die Kirche wurde nach Zeugenaussagen als Schulkirche genutzt, mit einer Messe am Sonntag und dem Ablass des Heiligen Josef. Sie war seit den 1920er Jahren geschlossen. Während des Krieges lagerten die Deutschen in ihr Altmetall.

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden das Kloster und die Kirchengebäude an die Franziskaner zurückgegeben, und das ehemalige Schulgebäude aus dem 19. Jahrhundert wurde verstaatlicht. Jahrhundert wurde verstaatlicht. Von den 1950er bis in die 1990er Jahre wurde das Gebäude als staatlicher Kindergarten Nr. 2 genutzt. In dieser Zeit (wahrscheinlich in den 1960er bis 1970er Jahren) wurde an der Ostseite des Gebäudes ein zeitgenössisches einstöckiges Gebäude mit Flachdach und an der Westseite ein zweistöckiges Gebäude, ebenfalls mit Flachdach, angebaut. 1995 gab die Eigentumskommission das Gebäude an den letzten Eigentümer zurück (den Verwalter und Investor für den Bau der Klosterschule), d. h. an die Pfarrei des Heiligen Stanislaus des Bischofs und Märtyrers in Wschowa. Im Jahr 2017 wurde das Grundstück zusammen mit dem Gebäude notariell an die ursprünglichen Eigentümer des Geländes zurückgegeben - die Franziskaner der Provinz des Heiligen Franz von Assisi des Ordens der Minderbrüder - Franziskaner in Polen mit Sitz in Poznań. Das Gebäude ist eine Leihgabe an die Stiftung FOR - OIKOS.